简单来说，F-22靠升级版Link-16数据链，F-35靠CNI，跟其他机型之间还得继续回到传统link-16数据链。
（正常的LINK16界面就是这样 看起来挺局促的 还赶不上游戏...）
F-22最新使用的是TACLink-16，作为link-16数据链的Mod5版本，在2016财年被批准进行研发。核心是可以使用更高层级加密后数据链系统跟F-35之间进行战术数据传输，其中就包括了敌我识别。同时还可以兼容跟现有第4代战斗机装备的Link-16，但是需要一个Link 16 Transmit组件。
（诺思洛普研发的CNI系统介绍海报页面）
F-35相对更高一个层级，使用CNI系统（通信、导航、识别）综合电子系统，可以把VHF到K波段的无线电信号进行综合管制，其中就包含了前面说的Link-16数据链。为什么要综合频谱管制呢？就是减少己方被发现的概率。这是隐身战机的大忌。
但是这些都是在保证数据链畅通情况下才可以有效敌我识别，在现代战场上最经常出现的事情就是，复杂电磁环境。使得数据链不太可能保证100%的畅通。此时需要其他手段进行敌我识别，由于F-35装备了光电瞄准系统(EOTS），使得可以借助红外图像进行敌我特征识别。不过，不要期待太高，毕竟距离有限。
还有人曾经研究过激光敌我识别系统，但是在战斗机上如何确保全向接收是个难题，所以暂时没有看到实际应用的结果。
以上为个人对这个问题的粗浅的认识和资讯整合，仅供抛砖引玉，欢迎更多深入讨论。
现代战机都有一套敌我识别系统，当遇到己方战机后，它会发出相应信息来表明身份，对方也会作出相应的应答，这种战机之间的感应设备就是敌我识别的主要手段，其实不仅仅是五代机有这种设备，任何军事武器都是如此。在伊拉克战场曾发生了美军直升机被己方防空部队击落的事件，原因就是直升机飞行员忘记了开启敌我识别系统。
敌我识别系统是一般战机的通常使用手法，直到隐形战机的出现，将这种局面打破。隐形战机为了隐身效果，只能把敌我识别系统关闭。但是一关闭就不能表明身份，就会被己方战机视为敌机。如何在隐形战机的时代做到识别敌我呢？这成了隐形战机出现后的附带问题。
有问题，就会有答案。隐形战机的识别敌我问题有两个答案。第一个是在隐形战机上配备反射特定雷达频率的雷达反射器。当隐形战机以特定频率的雷达波进行探测时，就会形成一个强烈的反射信号，这等于是向己方的隐形战机发送自己的位置信息。如果没有发现这种特殊的反射信号，那就意味着是敌机。
第二个是通过数据链进行连接传输，把自己的位置信息发送给空军指挥中心。指挥中心接受到己方所有战机的位置信息后，就可以了解战机的分布位置和方向。如果发现一个战机目标不在指挥中心的掌握内，那么就是敌机。
这两种方法能较好地识别敌我，但也是有缺点的：数据链信息会发出一定的电磁信号，暴露位置；特定雷达信息也许会被敌方发现。虽然目前的手段还不够完善，但在将来一定会得到妥善解决，不会出现“大水冲了龙王庙”的乌龙。
1992年美国陆军曾对6家公司的敌我识别系统投标方案做了试验和比较,最后选中采用毫米波技术的合作保密敌我识别系统方案。与采用激光、红外技术的合作保密敌我识别系统相比,毫米波合作保密敌我识别系统具有下列优点:对烟尘、雾、雨雪的穿透力强,适应未来坦克的作战环境;作用距离大于5000m,满足坦克/战车先敌发现目标,先敌识别和先敌开火的战术要求;可应用成熟的微波、毫米波集成电路器件,达到减小体积的目标;被敌截获信号的机率低,发射的低功率毫米波信号只能被装有高灵敏天线的被询问战车接收到;射手在瞄准目标时能立即识别目标的敌我属性;波束窄,适合在密集坦克/战车群中识别敌我战车;采用合作识别方式能减少发射信号时间,减小信号被敌截获和利用的可能性,能发射编码波束,避免敌人模仿波束信号。
1993年8月, TRW/ Magnavox公司获得合同,开始研制以K波段(38CHz毫米波应答机/询问发射机为基础的、地对地和空对地战场战斗识别系统(BCIS) 。BCIS由1台K波段询问发射机一应答机、窄波束询问发射机天线、全向辐射应答机天线和显示器及其接口装置组成。战车乘员用随动于战车瞄准具的询问发射机,发出定向窄波束毫米波询问目标,询问波束能启动被询问的已方战车应答机,应答机可发出表明“友军”的全向辐射毫米波信号,回答询问。如果识别系统被询问,它就自动向乘员报告它正在被询问。为了防止应答信号被敌人利用.须给应答信号加密,在问答过程该系统能自动跳频43次。如果采用扩频技术,能使该系统信号的被截获率降低到零。
1995年进行的实验证明, BCIS在晴天时的识别距离可达7800m,在小雨、雾交加条件下识别距离为6100m,顺利识别率高达99.8%。BCIS的总重34kg,适合在19种战车和直升机上安装。在战斗中BCIS将得到全球定位系统及其他快速定位系统的支援,以确保识别准确可靠。预计将于1999年做出批量生产BCIS的决定。英国莫尔文国防研究所也研制出了一种毫米波目标识别保密发射/接收机(M-TICE)。这种M波段(94GHz)毫米波发射/接收机成本低,其成本仅为美国BCIS的一半(约5千美元~1万美元)。它的发射功率也比美国BCIS小,能发射在整个M波段范围内不断改变频率的、低截获率波形信号。直升机用M-TICE的空对地识别距离为8000m。
现代战争中的敌我识别依然是一个大问题，不管对方是否为隐身战机都是一个很大的麻烦，通常来说，现代战机都会配备有敌我识别系统，也就是说，它在接收已方雷达系统发出的敌我识别信息时，会作出正确的回应，发出相信的售号，一切不答或答敌的即为敌机。
如今伴随着隐身战机的出现，这个问题又变得很麻烦了，因为隐身战机本身就不容易发现，为了隐身又不可能开启敌我识别系统，等于破坏自身的隐身设计，如此一来，就造成了一个很大的麻烦，那就是既找不到目标，也不会使用敌我识别器来识别目标。
也因此，各国不得不开始寻找其他的方案，比如：安装能反射特定雷达频率的雷达反射器，这样当已方雷达以特定频率的雷达波进行探测时，它亦可以形成一个强烈的反射信号，从而让己方雷达发现自己隐身战机，即可以定位，又可以敌我识别。如果发现的目标不能够形成这样的信号反射信号，那么就可以判断对方为敌机了。
也可以通过数据链的方式进行联络，也就是说，让已方的战机通过数据链向指挥中心发出自己的方位信息等，从而让指挥中心知道自己的战机在什么地方，那么在没有在己方掌握数据内的目标，将敌方目标找出来。
但是以上几个方法都存在问题，使用数据链进行联系也是一种通信活动，也会形成电磁信号，也一样被曝光自己的战机，至于特定的雷达波，这个技术也是问题，而且被对方发现的话，也成了一个曝光自己的漏洞。
也因此，目前尚没有非常理想的手段！
