从两校的历史可以看得出，理论上的正统是西安交大，毕竟当年迁的八九不离十了。但是交大毕竟诞生于上海，灵魂和根源都在上海，上海当年能孕育出交通大学如今依然能孕育出上海交大。西安交大发扬的西迁精神中，也蕴含了交通大学对西部的支持与牺牲，从未忘本。所以两校皆是正统，应当继续保持一心，共同进步。以上为个人拙见。
55年最初计划是全搬，连食堂做菜的都搬过去了，但有些老教授就是不搬，然后又有一些逃跑分子，从55年闹腾到59年，周总理都出面协调了，后上海政府介入想留一个工科院校在上海，最后分设二校，时上海17个专业、西安19个专业，都是正统，有国家文件为证。上交真正吃亏的是后来被划入军口，78年重归教育部后飞速发展。分设时留上海的资深教授多，西安青壮年多。交大52年元气大伤，解放前又有很多溜达到台湾，后有台湾交大。所以，正统应为上交、西交、新竹交。偏房西南交、北京交（？）也算正统吧，是为五所交大
西安交通大学老校长蒋德明教授有一个非常精辟的比喻，他用寺庙和和尚来比喻，和尚西迁到西安，在新庙里念经，老庙还留在上海，有一伙新和尚进入老庙，烧香的人到老庙去烧，香火就旺起来了。这就是交大两兄弟的关系。
西安交大是当初的正统交大主体，上海只留下一个船泊系及少量的老弱病残者，因为这些教职工肯定不能适应艰苦的西北生活，所以国家也是为了照顾他们才留下了这个尾巴。但是中国人的智慧是无穷尽的，星星之火 可以燎原，上海凭借地理资金及雄厚的轻工业基础，把那些教授专家们又吸回去啦，所以上海遗留的交大残部又慢慢地茁壮成长起来了……
西安交通大学
看交通大学西迁史就明白了
交通大学校本部前往西安
交通大学体系，上海交通大学是老校区，造船系。
西安交通大学是校本部
其他除了少数有冒名之嫌的旁支，大部分是几个专业，还有几个部门调整成立的。
还有部分交通大学分出来的，没有叫交通大学
交大的全校内迁是当年的初衷，这与当时的时局有关，1956年开始西迁时，上海学校原址已挂出了南洋公学院和上海造船学院的校牌。原造船系及起重系等留在上海。但后来形势有变化，且部份老教师来西安有困难，以致在1957年分学校为两部份，统一领导，到1959年，两部份独立为西安交大和上海交大。因而可见两校均为正统。
这个问题问得太开玩笑。当年交通大学从上海搬离的时候，只留下了一个船舶工程系。现在的上海交通大学，实际应该称为交通大学上海船舶工程学院。不过这几年因为上海的实力交通大学引进的一些不错的师资。不知道为什么，上海交通大学在机械，热工，自动化，信息等领域都没有取得了重大的突破。反而医学院成了上海交大的主力专业。所以现在的上海交大实际应该称呼为上海医学与船舶工程大学。
