不可以抵扣。通行费发票是否可以抵扣进项，需要区分如下几种情况：
(1)取得的是征税的通行费增值税电子普通发票可以通过发票勾选平台勾选认证抵扣；
(2)税务机关监制的桥、闸通行费纸质发票可以计算抵扣进项税额：桥、闸通行费可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%。
(3)税务机关监制的高速公路通行费纸质发票不得计算抵扣进项税额（在2018年6月30日之前可计算抵扣）；
(4)税务机关监制的一级、二级公路通行费纸质发票不得计算抵扣进项税（在2018年12月31日之前可计算抵扣）；
(5)财政部监制的通行费纸质发票不能抵扣进项税；
概括：
简言之，除桥闸纸质发票计算抵扣外，目前只有通行费电子普通发票可以如专票一样抵扣。
政策依据：
《财政部 税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》（财税〔2017〕90号）第七条
