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楼主说的非常含糊，自动化是机械工程与自动化，还是电气工程与自动化，还是其他？从第四轮学科评估的结果来看，如果是机械工程类，华科的排名要高于东南大学，如果是控制科学与工程则东南大学排名略高于华科（二者同属于A-一列）。综合而言，两校都属于工学强校，985和双一流建设高校，很多学科实力在伯仲之间。
但是读研究生，个人还是认为学术型要比专硕好一些。因为从学制上看，很多学校的理工类学硕和专硕的学制基本差不多；从继续学习的可能上看，学硕被保博的可能性要大于专硕；从学习实践来看，作为导师，肯定是会对学硕更上心一些；从就业来讲，学硕普遍要好于专硕。
当然，很多事情并非绝对，以上信息，仅供参考。
