水体的颜色主要取决于溶解金属离子的颜色，浮游生物的含量和悬浮物的含量
（1）浮游生物的含量则主要取决于水体温度，而温度取决于季节变化——夏季浮游生物含量要远高于冬季，对水体透明度和颜色都会形成影响，使水体偏向于绿色和不透明；冬季这正相反，水体会倾向于蓝色和清澈。但这种影响在湖泊等安静水体中更加明显，在河流中并不显著。除非是水面宽阔、流速缓慢的河流，这样的环境其实更接近湿地沼泽了。
（发生赤潮的湖泊/海洋）
（2）溶解物质的颜色是比较特殊的情况，一般比较少见，具体的颜色取决于溶解物质的差异，与时间无关。例如在一些地层里含铁特别丰富的山区，山间小溪流着流着就变成铁锈一样的黄色了，但仍然清澈见底。下图是湖北西南部山区的一条山间小溪，山里经过实际考察没有小厂子。溪水波澜不惊清澈见底，泥砂极少，就是因为流经了一些含铁丰富的地层，三价铁离子将溪水染成了铁锈一样的颜色，尝在嘴里也是一股锈味。
（三价铁离子将安静清澈的溪水染成黄色）
（3）河水的颜色主要由悬浮泥沙决定。而根据沉积学的有关原则，悬浮泥砂的含量主要取决于河水流速。河水的流速又取决于河流的流量和地形。在同一个观测位置，地形不变的前提下则显然流速取决于流量。流量取决于季节性降水和雪山融水，前提是不考虑水利设施的放水。
（河流中的沉积物构成：溶解物质+悬浮物质+底部推移物质）
在一年中的不同时期，河流的“颜色”会发生显著的变化。一般来说，秋冬季节，由于上游融水和降雨来水减少，河流水量下降，流速降低，水流携带泥砂的能力发生显著下降，悬浮泥砂的含量明显降低，因此河水显得更加碧绿、清澈。春夏季节，情况则正好相反，大量的雨水携带泥砂进入河流，汇聚成滚滚洪流奔腾入海，河水自然是裹挟了大量泥砂，显得混杂不堪，黄汤翻动。
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